Latvijas Zinātnes padomes programmas "Fundamentālie un lietišķie pētījumu projekti" granta vienošanās Nr. lzp-2020/2-0151
Pētījuma vadītāja no 1.01.–31.10.2021. Angelika Voronova.
Parastā priede (Pinus sylvestris L.) ir nozīmīga skujkoku suga Latvijā, kuras atjaunošanai izmanto uzlabotu reproduktīvo materiālu. Tomēr nav zināmas jauno stādu pielāgošanas spējas iespējamo apkārtējās vides apstākļu izmaiņu rezultātā vai jauno patogēnu invāzijas gadījumā; šie apstākļi nav precīzi paredzami ilgstošā meža rotācijas periodā. Lai nodrošinātu nākotnes mežu ilgtspēju, ir svarīgi pētīt koku pielāgošanās mehānismus un to ģenētiskos pamatus. Transponējamo elementu (TE) saturs un izplatība ir atšķirīgs starp indivīdiem un spēj ietekmēt gēnu darbību, izjaucot gēnu funkcionālos rajonus, iespaidojot transkripciju, gēnu splaisingu un hromatīna struktūru; kā arī ietekmēt nekodējošās RNS darbību. Iepriekš esam izpētījuši TE topoloģiju gēnu flankējošajos rajonos, TE izplatību gēnu nekodējošajos rajonos. Parastās priedes (P. sylvestris L.) eksonu tuvumā tika identificēta virkne jaunu TE, kas satur svarīgus regulatīvus motīvus. Izmantojot mūsu laboratorijā izstrādātu jaunu TE-gēnu atlases metodiku un masīvo paralēlo sekvencēšanu, tika iegūta liela datu kopa, kuru var izmantot turpmākos pētījumos. Šī pētījuma mērķis ir atlasīt kandidātgēnus ar iepriekš identificētām TE insercijām, TE pārbaude un verifikācija, TE-gēna attāluma noteikšana, plašāka strukturālo izmaiņu izraisītās daudzveidības izpēte priedes selekcijas materiālā.
Atslēgas vārdi: transponējamie elementi, gēnu regulācija, rezistence, pielāgošanās, priedes genoms
Aktualitātes
- Pētījums uzsākts 2020. gada decembrī.
- 12.2020.–31.01.2021. Veikta iepriekš iegūto bibliotēku analīzi un molekulāro marķieru konstruēšanu MITE-saistīto kodominanto marķieru izstrādei. Tika pabeigta grāmatas "Pines" (Springer) sadaļas sagatavošana "Transposable elements in pines". Tika izsludināta nepilnas slodzes darba vakance studējošam. Veiktas interaktīvas darba intervijas Covid-19 ierobežojumu dēļ.
- 26.01.–27.01.2021. Dalība Meža nozares zinātniskā konferencē "Zināšanās balstīta meža nozare" ar interaktīviem skaidrojošiem slaidiem par pētījumu.
- 1.–4.2021. Sagatavota, izsludināta un noslēgta laboratorijas kopīga iepirkuma procedūra reaģentu un materiālu iegādei.
- 2.–4.2021. Studējoša jauna darbinieka apmācība un pētījuma eksperimentu veikšana: labas prakses pamatprincipi darbam molekulārajās ģenētikas laboratorijā, šķīdumu, buferu un barotņu sagatavošana, marķieru pārbaude un reakcijas apstākļu optimizēšana ar gradienta PĶR, analīze ar agarozes gēlelektroforēzi, fragmentu attīrīšana no gēla, fragmentu liģēšana un plazmīdu transformēšana E. coli kompetentajās šūnās, koloniju atlase un pavairošana, plazmīdu DNS izdalīšana un analīze, DNS koncentrācijas noteikšanas metodes, genomiskās DNS izdalīšanas un attīrīšanas metodes, sekvenēšana pēc Sanger metodes, kapilārā gēlelektroforēze izmantojot Labchip GX (PerkinElmer). Vadoties pēc plāna tika pārbaudīta 30 praimeru pāru darbība dažādās kombinācijās, sekvenēti amplificētie fragmenti, veikta labi strādājošo marķieru pārbaude uz priežu DNS kolekcijām.
- 30.04.2021. Dalība "Eiropas Zinātnieku nakts 2021" pasākumos: 19:00–20:00 interaktīva tikšanās ar LVMI "Silava" jaunajiem zinātniekiem. Sagatavoti slaidi interaktīvai spēlei un informatīvs posteris par pētījumu
- 19.05.2021. Dalība LZP rīkotajā informatīvajā tiešsaistes seminārā fundamentālo un lietišķo pētījumu projektu (FLPP) īstenotājiem par projekta vidusposma un noslēguma zinātnisko pārskatu iesniegšanu.
- 19.–20.05.2021. Dalība kvalifikācijas uzturēšanas nolūkā Rietumu mežu ģenētikas asociācija (WFGA) un Kanādas mežu ģenētikas asociācija (CFGA/ACGF) rīkotajā konferencē 2021 Forest Genetics Student & PostDoc Symposium
- 19.–21.05.2021. Dalība apmācību un kvalifikācijas uzturēšanas nolūkā virtuālajā konferencē London Calling 2021, kas tika rīkota ar Oxford Nanopore technologies un veltīta garo sekvenču nolasījumu tehnoloģijai – Nanopore sequencing. Konferencē tika prezentēti ievērojami zinātniski pētījumi, kuros šī tehnoloģija tika izmantota, kā arī ietvertas tehnoloģijas apskatu lekcijas.
- 5.–7.2021. Izveidoto molekuāro marķieru polimorfo alēļu liģēšana, klonēšana un sekvenēšana ar Sanger metodi, ar mērķi apstiprināt mērķa lokusu amplifikāciju priežu populāciju paraugu vidū, noskaidrot garuma variācijas iemeslus, izpētīt retās alēles, apstiprināt amplifikācijas praimeru identitāti.
- 3.06.2021. Dalība kontaktbiržā Latvijas zinātniekiem Latvijā un pasaulē
- 8.–9.06.2021. Dalība FASEB virtualajā konferencē The Mobile DNA Conference: Evolution, Diversity, and Impact
- 7.–9.2021. Analīžu atkārtojumi. Iepriekš atklāto gēnu intronu amplifikācija un sekvenēšana ar mērķi noskaidrot to variāciju P. sylvestris genomā salīdzinājumā ar references genomiem un to dažādām versijām.
- 29.08.–1.09.2021. Dalība European Molecular Biology Laboratory (EMBL) konferencē The Mobile Genome: Genetic and Physiological Impacts of Transposable Elements (Mobils genoms: Transponējamo Elementu ietekmes ģenētiskie un fizioloģiskie aspekti), kurā prezentēts stenda referāts Gene-TE associated polymorphism detection using targeted NGS for non-model species genome. Dr. A. Voronova tika aicināta prezentēt darbu īsā apskates runā (video).
- 7.–8.10.2021. Dalība konferencē 5th Uppsala Transposon Symposium, kurā tika prezentēts stenda referāts MITE insertion-based polymorphism markers from transcriptome of non-model plant (Pinus sylvestris L.). Dr. A. Voronova tika aicināta prezentēt darbu īsā apskates runā (video).
- 12.10.2021. Dalība pasākumu cikla Pieslēdzies zinātnei! sadaļā "Zinātne, inovācijas un tehnoloģijas Latvijas ekonomikas izaugsmei – reāls pienesums tautsaimniecībai?", kuru rīko LZP sadarbībā ar IZM un VIAA, ar prezentāciju Priedes genoma noslēpumi. Transponējamie Elementi: savtīgi replikatori vai izdzīvošanas instruktori?
- Dr.hab.biol. Prof. Ģederta Ieviņa un Dr.biol. Angelikas Voronovas vadībā izstrādāts bakalaura darbs "Augu audu kultūru izmantošana retās piekrastes sugas Eryngium maritium bioloģijas pētījumos", autore – Vendija Lazdiņa. Darba aizstāvēšana notika LU Bioloģijas fakultātes Augu fizioloģijas katedrā.
